Реплицировать, очевидно, нужно, раз вашей системе требуется высокий аптайм.
Однако,
как именно это делать, зависит напрямую от текущей реализации и бизнес-логики.
Скорее всего, реплицировать вы хотите не
файловую систему, а какие-то конкретные
файлы. И тогда может быть проще поднимать несколько бэкендов, которые пишут в
S3. И пусть они себе падают по одному - система при этом будет доступна. А может какое-то другое решение придётся искать.