Есть 2 основные причины креша монги:
1) Память на диске кончилась, либо слишком мало - не достаточно что-бы создать очередной блок (файл).
2) Оперативная память кончилась и ОС прибила жирные процессы в том числе и монгу, swap на сервере есть?
Вообщем смотрите логи.
Раз монга начала часто крашится значит проблема в сервере, монга тут не виновата (маловероятно что проблема в монге).
Пока разбираться нет времени, а приложение должно работать.
Потом не жалуйтесь если у вас что-то пропадет.