1. разобрать с помощью flasm/flare, вкрутить нужное, собрать обратно
2. изваять обертку в которой реализовать лоадер и грузить в нее swf-ку
как-то так. хотя я флешем уже лет 5 не занимаюсь, может более интересные инструменты повявились, да я не в курсе.