Если коротко, то сервер разрывает соединение в после превышения лимита времени (настраивается).
Также настраивается параметр завершать скрипт или нет после разрыва коннекта. Но не помню где точно(толи апач, толи пхп), гугол в помощь.
Рецепт без колупания настроек:
используйте 81 порт. например:
mysite.com:81/script.php