1. Создаете в базе user признак активации email
2. В моделе USER создаете функцию isConfirm (например), которая возвращает true или false
3. Создаете контроллер Maincontroller, наследуете от Сontroller, в нем в beforeAction пишите проверку, все контроллеры frontend-а наследуйте от Maincontroller. Авторизацию и регистрацию советую сделать в отдельном контролере и его наследовать от Сontroller (удобно)
if(Yii::$app->user->identity->isConfirm())
Yii::app()->session->addFlash('error', 'Срочно подтверди email, c@ка');