Тебе придется прописывать каждому сайту конфиг. Можно написать небольшой скрипит на bash, скормить ему образец, по которому он будет формировать основной коняги(или несколько, по именам сайтов). Скрипт написать, потребуется минут 10-15 от силы, а руками переписывать каждый конфиг, куда дольше. Да еще и запутаться просто и ткнуть не то.
логика такая:
1. Запускаешь парсинг конфига апача, выдергиваешь из него имена сайтов и складываешь во временный файлик $file=/tmp/$RANDOM
2. Запускаешь цикл, в котором опрашиваешь созданный файл $file и считываешь построчно каждый сайт, записывая в переменную, скажем $domainname.
3 внутри цикла, копируешь содержимое исходного файла конфига nginx с заменой определенного выражения внутри конфига, скажем DOMAIN_NAME, на значение переменной $domainname.
Подготовительные работы: Создание исходного конфига, внутри которого вместо адреса сайта добавлено кодовое слово, скажем DOMAIN_NAME, которое мы впоследствии, с помощью sed сможем заменить.