Посмотри в /plugins/org.eclipse.ui.themes_x.x.x.vxxxxx/css (в папке с Эклипсой)
UPD: Поговаривают, что надо добавить в css с нужной темой (для тебя, скорее всего - e4_default_win7.css, глянь в настройках Эклипсы) такое:
#org-eclipse-jdt-ui-PackageExplorer Tree,
#org-eclipse-ui-navigator-ProjectExplorer Tree {
font-size: 10px; /* <-- Desired font size */
}