У меня сейчас запущен парсер сайта и в бесконечном цикле происходит вывод сообщений в консоль Sublime Text 3 после загрузки каждого файла, то есть сообщение выводится во время работы скрипта. Может вы в конфигах накосячили? :) Попробуйте переустановить. А может дело в ОС? На mac os и linux debian работает отлично.
И еще, вы используете стандартную консоль, которая запускается по сочетанию клавиш ctrl+b или какой-то плагин, например SublimeREPL?
