Может повлиять. И на KVM может. И на XEN может. Любую систему виртуализации, а тем более контейнеры, можно легко оверселлить по CPU, сети и диску. Т.е. продавать суммарно ресурсов больше, чем может непосредственно дать железка с гипервизором. Соответственно, несколько виртуалок будут драться за ресурсы и ждать.
Для достоверного бенчмарка надо брать выделенную железку либо доверять хостеру, что он предоставляет CPU в должном объёме. Например, закрепляет за виртуалкой отдельное физическое ядро и больше никому его не отдаёт.