если эти патчи применялись один за другим, то и накатывать их надо так же (спасибо, кэп) )))
если же каждый их эти стопицот патчей делались на "ванильные" исходники - то вряд ли получится слить из "просто так"
однако, я бы попробовал такой вариант:
засунул бы каждый патч в свою ветку git (samba же там уже живёт?), и слил все ветки вместе - на выходе должно получиться искомое, если обойдётся без конфликтов ))
Git более умно применяет патчи, он не ориентируется на НОМЕРА строк, как это делает patch, он ориентируется на КОНТЕКСТ патча (все эти строчки ДО и ПОСЛЕ изменений; из-за этого, кстати, у меня один раз была бага при слиянии )) )
