В таких случаях ОС запускается в виртуалке, перед началом работы делается снапшот, а после завершения виртуалка откатывается к этому снапшоту. Это единственный способ, который позволяет гарантировать, что ни в каких углах диска не осталось никаких следов содеянного. Ни одна "чистка" не может дать подобных гарантий. Нельзя также полагаться на встроенные средства создания "снапшотов" (именно так, в кавычках) в некоторых ОС.