Ни разу с таким не сталкивался, но думаю процедура следующая:
1. Создается полноценная работающая копия текущей БД (через Экспорт).
2. На сервере переписываются настройки доступа к БД (вместо старой вписывается новая). Для пользователей это будет практически не заметным - возможны отказы в работе на 1-2 минуты.
3. Из старой базы данных извлекаются только недостающие данные (то есть, то, что успели внести юзеры, пока мы меняли настройки).
Делать такие процедуры лучше в 3 часа ночи, когда большая часть пользователей не активна (применимо к региональным сайтам, привязанным к одно стране и одному часовому поясу).