Попробуйте профилировать код. Если не возможно это сделать на хостинге, попробуйте на локальном сервере, может дать полезную инфу. Можно попытаться вычислить причину отключая куски кода в вашем скрипте. Для начала попробуйте запустить скрипт с одной строчкой кода, просто вывод на экран, чтобы исключить или подтвердить проблему с сервером. Потом проверьте как быстро отрабатывает чисто подключение к БД + небольшой запрос. И так далее.