1. И там, и там используется Box2d. Разницы нет.
2. Поточнее вопрос можно? ИМХО, cocos2d-x удобнее. Покадровая анимация и там, и там есть. Если говорим о скелетной, то кокос поддерживает большее количество фреймворков.
3. Cocos2d-x
have_a_questions: Если мы говорим о cocos2d-x то там идет почти полная кроссплатформенность. Да, для подключение сторонних либ (рекламная сеть, аналитика) иногда приходиться писать платфорзависимый код для каждой ОС отдельно, но кокос сейчас продвигает мультиплатформенные "прослойки" благодаря которым можно будет из центрального основного проекта управлять всем чем только возможно на С++, без написания кода на Java или Objective-C