В директорию css по ftp имеет доступ верстальщик. Он потенциально может отредактировать правило и снять ограничение. Можно правило для каталога /css/ прописать в корневом htaccess?
К сожалению .htaccess не поддерживает директивы
Location / Directory
А директивы Files / FilesMatch не могут использовать директории
Вам тогда проще в конфигурацию Apache добавить
php_flag engine 0
Ну или положить в css папку .htaccess и выставить ему immutable bit например
Но и первый и второй вариант требует рута.
И первый точно предпочтительней.