Репозиторий это хранилище для системы контроля версий, не способ деплоя проекта.
Сделай репозиторий и туда пуш свои изменения
А там где у тебя развернут проект, выкачивай изменения из репозитория
> На сервере смотрю git log - вижу что прилетело, но почему-то файл не меняется.
пущить не в bare repo - это как причинное место в дверной косяк совать, потом ненароком прищемить и всем жаловаться, какие двери противные и неправильные..