Вы точно описали проблему всех обычных таймеров: они отсчитывают вслепую и напоминают по расписанию, даже если вы уже отошли или, наоборот, залипли и не двигаетесь.
Ровно эту задачу решает Moveo. Он отслеживает не время само по себе, а вас: через веб-камеру видит, что вы застыли в одной позе, и напоминает подвигаться именно тогда, когда вы реально засиделись. Отошли от компа или долго нет активности — счётчик сам обнуляется, ровно как вы и хотели. Всё считается локально в браузере, видео никуда не уходит.
Работает прямо в браузере, ставить ничего не нужно —
moveoapp.ru. Если попробуете, напишите, подходит ли под то, что искали.