Как я понял, нет возможности влиять на внешнее приложение, надо как-то отследить факт закрытия файла после того, как мы запустили это приложение и скормили ему наш файл.
Возникла только одна идея — парсить вывод
Handle v3.5 By Mark Russinovich (взято
отсюда).
C Windows работал мало, надеюсь, кто-то подскажет что-то более изящное.