"Мои знания HTML\CSS3(с фреймворками и препроцессорами), ванильный JS и jQuery, Основы PHP."- так вот после всего этого вам просто необходимо изучить и использовать Bower (хотя без него можно обойтись), тот же Gulp или Webpack (как-то с трудом себе представляю жизнь без них - это сборщики проэктов), ну и Node.js для js на сервере.