Вся проблема в регистрозависимости. Ее можно как нибудь отключить?
Наверняка тебе известно, что в Windows имена файлов не чувствительны к регистру, в то время как в Unix-подобных системах они чувствительны.
На самом деле, ты далеко не первый кто сталкнулся с этим. В качестве решения, изучи стандарт PSR-0/PSR-4 и переконвертируй все в него.