Yii migrate и так находит все миграции, которые не применялись. И применяет их в порядке временного возрастаение по timeStamp.
Для отдельных модулей можно накатывать так
yii migrate --migrationPath=@app/modules/forum/migrations --interactive=0
interactive: логический тип - boolean (по умолчанию true). Указывает, следует ли выполнять миграцию в интерактивном режиме. Если это значение является - true, то пользователю будет выдан запрос, перед выполнением командой определенных действий. Вы можете установить это значение в false если команда используется в фоновом режиме.