Можно просто удалять iframe и вставлять, когда потребуется.
В Jquery удалить элемент можно при помощи функции -
remove()
А добавить элемент
append()
То есть, когда вы закрыли окно, то удаляете iframe.
Вот пример того, как удаляется iframe
https://jsfiddle.net/o0xusd7h/
Можно не удалять, а менять src на пустоту.