Бутлоадер на всех платах закачивается одинаково, различия плат лишь в размерах и корпусе управляющего микроконтроллера, а так для uno, mimi, nano везде стоит atmega32. Если коротнули 12ю вольтами, да хорошим током то мог и сам контроллер поджариться, либо если по питанию, то выгореть диоды. Сама дуина то запускается, работает?