Зависимости прописаны в файле requirements.txt
numpy
scipy
matplotlib
pandas
scikit-learn
pylab
notebook
pip install -r requirements.txt
Collecting numpy (from -r requirements.txt (line 1))
Using cached numpy-1.10.4.tar.gz
...
Collecting scikit-image (from pylab->-r requirements.txt (line 6))
Using cached scikit-image-0.11.3.tar.gz
Complete output from command python setup.py egg_info:
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 20, in <module>
File "/tmp/pip-build-146zneay/scikit-image/setup.py", line 76, in <module>
from numpy.distutils.core import setup
ImportError: No module named 'numpy'
Если же просто по порядку выполнить установку тех же самых зависимостей
pip install numpy
pip install scipy
pip install matplotlib
pip install pandas
pip install scikit-learn
pip install pylab
pip install notebook
то все нормально.