Во-первых, хукаться в wp_footer - неправильно. Чтобы подключить скрипт в footer достаточно последний аргумент функции wp_enqueue_script установить в true. Ну а wp_register_script вообще не нужен. Эта функция используется для регистрации скрипта, чтобы потом его можно было включать как зависимость к другому скрипту. Если вы его принудительно подключаете через wp_enqueue_script, то предварительная регистрация не имеет смысла.
Что касается конкретно IE, используется так:
function my_scripts() {
// Подключаем скрипт только для ИЕ, в подвале
// По трем последним аргументам:
// array() - зависимости, например array( 'jquery' )
// null / '1.0.0' - версия скрипта. Гугл не любит их, указав null мы убираем параметр версии из адреса скрипта
// true - выводить скрипт в футере
wp_enqueue_script( 'script-name', get_template_directory_uri() . '/js/script-name.js', array(), null, true );
// Добавляем обертку для ИЕ
// Используем то же имя скрипта
// Тип данных - conditional
// Собственно, условие - <IE9 (можно использовать все валидные значения)
wp_script_add_data( 'script-name', 'conditional', 'lt IE 9' );
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'my_scripts' );