1. Исключаем терминальный сервер и работаем с полноценного ПК (а лучше -хардфона). Пользуемся какое то время. Это выявит причину -терминал-не терминал. С терминалками такое бывает, да.
2. Выявить "но не у всех абонентов" -зависимость. У кого и при каких обстоятельствах. Скорее всего -проблемы при внешних вызовах? Как и спросил ранее
Rsa97 -есть ли модуль эхокомпенсации? Так же, настроен ли jitter buffer на ZAP канале?
Хотя, по п.1 этот момент то же может "починиться".
3. Как настроено в софтфоне - DTMF, а так же как настроено для пиров-транка - DTMF? Возможно, стоит переключить в out-of-band!