It depends.
Изоморфность приложений, это весьма абстрактный термин который не подразумевает под собой никакой конкретики.
На каждое подключение нужно создавать отдельный экземпляр spa приложения для его пререндера?
Если UI не зависит от пользователя - можно вообще варнишом каким закэшировать это добро.
Если UI зависит от пользователя - опять же вопрос что нам нужно получить. Тот же реакт можно в рамках одного процесса рендрить совершенно по разному. Как и компоненты второго ангуляра. Но вот то как вы строите свое приложение уже может вносить раздор и т.д.
Изоморфность это круто но пока она мало у кого есть и люди еще не знают как правильно ее готовить. У каждого получается по разному.