А кто вам сказал, что скрипты не срабатывают?
Если нет вывода, это еще не значит что не работает. Проверить просто, создайте скрипт который будет делать, например
mkdir /home/user/test
И запустите его из гуи. Делов-то,
Ну а если нет, вставляйте в скрипты logger, и смотрите на что ругается.