Здравствуйте. Не первый раз настраиваю LAMP на Linux, но с такой проблемой столкнулся впервые.
Поставил LAMP и настроил. Стал проверять. Для проверки в дефолтную страницу Apache воткнул phpinfo(). Нижняя часть страницы стала похожа на официальный сайт, что символизирует о том. что PHP5 завелся.
Далее, создал собственную папку 
/home/user/public_html и залил туда сайты. Для того, чтобы новая папка была видна, добавил в 
/etc/apache2/apache2.conf строки:
<Directory /home/user/public_html/>
	Options Indexes FollowSymLinks
	AllowOverride None
	Require all granted
</Directory>
И эврика! Сайт виден. Но вместо привычного красочного интерфейса мне выдается PHP исходный код страницы. В чем, собственно, и проблема. Как я понимаю, php завелся, но он где-то глохнет, и не могу найти причину.
Файл 
/etc/apache2/sites-available/site.localhost.conf:
<VirtualHost *:80>
	ServerName site.localhost
	ServerAdmin webmaster@localhost
	DocumentRoot /home/user/public_html/site.localhost
	<Directory "/home/user/public_html/site.localhost">
	  Options Indexes FollowSymLinks
	   AllowOverride None
	   Order deny,allow
	   Allow from all
	</Directory>
	ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/site-error.log
	CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/site-access.log combined
</VirtualHost>
Дело явно не в шорт-кодах, так как:
1. Я включил отображение шорт-кодов в php.ini
2. На индексной странице сайта нет шорт-кодов.