Если вы заходите по IP, то nginx открывает хост по умолчанию либо, если тот не указан явно, первый по списку хост. Раньше у вас открывался phpmyadmin. Возможно он был первым по списку. Скорее всего добавили какой то хост, который стал выше прежнего и в нем прописано что то типа
if ($host != 'site.ru' ) {
rewrite ^/(.*)$ http://site.ru/$1 permanent;
}
Задайте для хоста phpmyadmin явно хост по умолчанию: listen 80 default_server;