Ну для первого раза попробуйте что-то вроде:
ssh vash-vds-name
git clone vasha-repa
cd vasha-repa
npm install
node server.js
А так многое зависит и от приложения и от сервера. Смотря какие возможности и потребности. Может docker, а может heroku какое-нибудь вам нужно, кто ж знает.