Столкнулся с похожей проблемой, позиционирование относительно импута скрипт вычислял неверно. Посмотрите в код инпута инспектором, скорее всего у вас параметры top, left вычислены неправильно.
Разбор полетов показал, что виноваты стили дополнительных решений, конкретно у меня скрипт бокового меню использовал стиль body,html{overflow:auto!important}, что приводило к ошибке в datepicker.
Советую попробовать поочередно поотключать стили на общие элементы страницы, скорее всего найдёте проблему в них.
