Так может быть только если этот файл существовал во вливаемой ветке, но был удален. Но в этом случае будет конфликт. Возможно удаление происходит из-за автоматического разрешения конфликта. Так или иначе, после мерджа вам нужно будет закоммитить ваше изменение. Перед этим верните обратно этот файл и делайте коммит.