Быть может стоит переосмыслить свою деятельность, если у вас занимает 2 часа нахождение кода, который вы вставляли ранее? Продумывать структуру, логику там… ну это я так. Просто недоумеваю. Вообще какие-то странные выводы у вас после двух лет то.
Про поиск по файлам наверное не интересно говорить, ибо задача довольно тривиальна. Любая IDE Это умеет, есть плагины, есть тот же grep, о котором упоминалось выше. Если же вы не знаете что именно искать, то xdebug и в перед.