sudo apt-get update нормально проходит если запустить ручками, но вываливает ошибку при запуске скрипта:
sh script.sh#!/bin/sh
echo "updating"
sudo apt-get update
updating
E: Invalid operation update
uname -aLinux myserver 3.19.0-25-generic #26~14.04.1-Ubuntu SMP Fri Jul 24 21:18:00 UTC 2015 i686 i686 i686 GNU/Linux