А в чем проблема? Если у тебя генерируются путевые листы автоматом с какого-то php скрипта, то и делай соответствующие обращения для генерации колонтитулов.
Например:
wkhtmltopdf --margin-top 35mm --margin-bottom 27mm \
--margin-left 10m --margin-right 10mm \
--header-html <путь,имя шапки.php> \
--footer-html <путь,имя подвала.php?параметр=значение> \
<путь,имя исходного файла.php?параметр=значение> \
<путь, имя выходного файла.pdf>
вот подобную строку уже генерируй другим php, bash или любым другим скриптом скриптом.
А далее склеивай получившиеся PDF файлы в один.
Склеить можно разными способами, вот пример на PHP с помощью библиотеки FPDF:
$pdffile = "Filename.pdf";
$pagecount = $pdf->setSourceFile($pdffile);
for($i=0; $i<$pagecount; $i++){
$pdf->AddPage();
$tplidx = $pdf->importPage($i+1, '/MediaBox');
$pdf->useTemplate($tplidx, 10, 10, 200);
}
или с помощью GhostScript можно склеить:
gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite \
-sOutputFile=<имя конечного файла.pdf> \
<файл1.pdf> <файл2.pdf> <файл3.pdf> <...> <файлN.pdf>