Если проблема не в конкретном сервисе (т.е. и FTP и SSH себя неадекватно ведут), то дело таки в системе. С другой стороны, относительно маловероятно, что проблема в ядре или драйверах. Поэтому в очередной раз вместо перезагрузки попробуйте следующее:
1) перезапустить конкретный сервис (FTP например), посмотреть, помогло или нет;
2) если нет - перезапустите по одному сервисы, имеющие отношение к сетевому взаимодействию, например виндовый файрволл; после перезапуска каждого проверяйте, не разрешилась ли проблема;
3) если не прояснилось - запустите на машине TcpView и посмотрите, как происходит подключение клиента к сервисам: долго ли открывается TCP-соединение, нет ли внезапных разрывов;
4) если времени у вас достаточно - посниффайте Wireshark-ом и попытайтесь сузить проблему до конкретного этапа установления соединения;
5) вообще, попробуйте зайти на сервисы с локалхоста; вдруг проблема не в вашей системе, а в каком-нибудь роутере через который вы пробрасываете порты (если таковой есть): возможно он начинает тупить, а перезагрузка системы приводит также и к сбросу сетевого интерфейса на роутере/перевыдаче IP-адреса, что приводит роутер в чувство.