Вроде немного все встает на свои места, единственное я не понял, что делать с установленными программами. Вот для примера я ставлю atom
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/atom
sudo apt-get update
sudo apt-get install atom
Следующая мысль это то, что работать я с ней буду в своей-пользовательской локали и поэтому мне не нужно выполнять её от супер пользователя. По этому запускать её нужно без указания sudo. Это так?
Если да, то что сделать чтобы не сталкиваться вот с таким -
ivan@pc:~$ atom
ivan@pc:~$ /usr/bin/atom: строка 91: /home/ivan/.atom/nohup.out: Отказано в доступе
App load time: 1827ms
ivan@pc:~$