Можно попробовать так:
$files = null;
$status = null;
exec('grep -rL "defined(\'_JEXEC\')" /path/to/directory', $files, $status);
После чего в $files вы получите массив относительных путей до нужных файлов.
Не забудьте проверить, что $status === 0 после выполнения, это означает, что команда выполнилась успешно.
Свой путь вы можете вставить вместо /path/to/directory.