Набросал некоторые мысли:
Я в таком случае иногда поднимаю инстанс за "пару минут" в Digital Ocean (40 копеек/час), монтирую его через
nfs, делаю mongodump, удаляю базу, mongorestore. Все. - быстро, дешево.
Либо просто сделать dump/restore с другого хоста (если он есть).
Так же можете попробовать сделать дамп данных, дамп может весить меньше и если повезет то 3Гб хватит.
Ещё бывает, что монга держит удаленные временные файлы, которые занимают место, можно попробовать перезагрузить монгу или весь сервер.
Можете использовать флаг smallfiles, тогда монга будет чуть экономней захватывать место.
Можно отключить журналирование - высвободится дополнительно 3Гб, тогда на dump/restore хватит, а может и на repairDatabase.