прописывайте пути к файлам и изображениям в html
/assets/img/...
/assets/js/...
а в теме шаблона можно прогнать заменой и получится
<?php echo get_stylesheet_directory_uri(); ?>/assets/img/...
<?php echo get_stylesheet_directory_uri(); ?>/assets/js/...
а вообще по правильному подключать скрипты и стили через
wp_enqueue_style и
wp_enqueue_script
А изображения размещайте как удобнее, пути к ним так же можно заменой прогнать