Есть замечательная книга "Two Scoops of Django 1.8" (best practices), легко гуглится. Книга не переведена на русский, но читается легко. В ней описаны практические решения выше обозначенных вопросов по организации проекта и много чего еще интересного и правильного.
А вообще, Django позволяет переорганизовать проект по удобной разработчику схеме и делается это достаточно просто.
Обычно я делаю вместо папки главного проекта - папку config (с файлом settings.py), так же идет общая папка с шаблонами (которые разбиты по приложениям), а логические части проекта разбиваю на приложениям.
Выглядит все примерно так:
./manage.py
./config/
./config/settings.py
./config/ursl.py
./templates/blog/
./templates/blog/base.html
./templates/blog/about.html
./templates/accounts/
./templates/accounts/login.html
./templates/accounts/registration.html
./acccounts/
./acccounts/urls.py
./acccounts/...
./blog/
./blog/urls.py
./blog/...
Но есть у меня проект, где только папка config, а все остальное - динамически создаваемый контент.