Если имеется ввиду ситуация, когда nginx стоит как фронтэнд к Apache, и оба они стоят на одной машине, то да, имеет смысл отключить. А то получается, что данные сжимаются, перекладывается из левого кармана в правый, распаковываются, потом снова сжимаются и отправляются клиенту. Если же серверы расположены на разных машинах, возможно, имеет смысл сжимать, нужно проверять на месте.