$('.popUp').click(function(e){
if(
e.clientX > $(this).offset().left + $(this).outerWidth()
//Ваш :after находится за пределами .popUp.
//При клике смотрим текущие координаты мыши
//Если она за пределами .popUp, то следовательно - клик произошел по псевдоэлементу
){
$('.popUp').addClass('close');
}
});