Название ООО и имя домена - это разные вещи.
ООО "Василек" в РФ может быть сколько угодно, ИНН будут только разные. А вот к имени домена нужно подойти внимательнее и не регистрировать что-то очень похожее на чужие марки (гугл в помощь), иначе отберут (читайте про xerox и как они отсуживали похожие домены).
Защищать домен можно начав с Роспатента (регистрация и получение свидетельства на имя домена без .ru или .com). И не путайте это с регистрацией домена у регистраторов - у них, другими словами, осуществляется всего лишь аренда домена без прав на него.
Вот, почитайте
Как выбрать название для IT продукта и IT компании. Я после этой статьи месяц подбирал название, и еще полтора года ждал сертификат на домен из Роспатента:)