Делайте редирект c www.domain.com на domain.com. Как я понимаю, у Вас сертификат именно на domain.com. Для www.domain.com нужен отдельный сертификат или сразу wildcard на *.domain.com
Редирект в nginx, например спокойно отрабатывается:
server {
listen 443;
server_name www.domain.com;
return 301 https://domain.com$request_uri;
}