В /etc/mongodb.conf (или /etc/mongod.conf, забыл уже) надо добавить (или исправить) строку
storage.engine = wiredTiger
В новом движке может быть принят другой формат конфигурации (YAML), тогда надо вписать (или исправить)
storage:
engine: wiredTiger
Учтите, на странице
docs.mongodb.org/master/reference/configuration-options , которую вы, конечно же, не читали, стоит предупреждение, что табы использовать нельзя, только пробелы. Учтите также, что... баз данных быть не должно. Вообще. То есть директория data или где оно там хранит данные, должна быть девственно пуста.