Кроме того, что заливка не затрагивает стили слоя (обводка, свечение, тень и т.д.), она еще регулирует силу выбранного режима наложения слоя (blending mode). В режиме "Нормальный" разницы вы не заметите, но попробуйте создать белый слой поверх фотографии, выбрать режим наложения, например, "Осветление основы" и уменьшите величину заливки. Вы увидите, что меняется не прозрачность слоя, а величина смешивания этого слоя с нижними слоями.
На этом изображении я создал слой с белым кружком поверх фотографии, сменил его режим наложения на Color Dodge и продемонстрировал разницу между величиной непрозрачности слоя и его заливкой, уменьшенной до 40%:
Простой
Простой