Делается вайп кеша приложений и данных телефона. SD-карта не трогается. Ядро и прошивка не трогаются в принципе. Поэтому после отката в большинстве случаев рут остается (т.к. шьется в ядро). На зенфоне, например, если сделать откат, то приложения асуса, лаунчер, измененная шторка и т.д. останутся такими, какими они были по акутальности на момент создания прошивки.