Стоит ли закрывать ссылки в nofollow/noindex?
Да, рекламные ссылки стоит закрывать nofollow. Почитайте справку google
про атрибут rel="nofollow" и про
схемы обмена ссылками.
Может ли качественный сайт быть расценен как сателлит?
Вполне возможно, если там есть переспам ссылок ведущих на другой ресурс.
Забанит ли его гугл/яндекс? Будут ли наложены фильтры/санкции?
Если сайт качественный (что не характерно для сателитов), а не помойка с кучей ссылок на другой ресурс, то бан или санкции скорей всего не грозят. Но рейтинг и позиции в выдаче у сателлита могут существенно страдать, от избыточной ссылочности.